~/ 아래, 즉 홈 디렉토리 아래에,.xinitrc 파일에서 윈도우 매니저를 지정합니다.
(xdm이나 wdm등의 그래픽 디스플레이 관리자를 쓰시면 .xinitrc대신 
.xsession을 사용합니다..xsession은 실행 파일이 되어야 하므로,

  chmod +x ~/.xsession

와 같이 하여 실행 권한을 주시기 바랍니다)

예를들어, 윈도우 메이커(wmaker)를 사용하고자 한다면,

.xinitrc파일에

exec wmaker

라고 적어 주시면 됩니다.

Gnome의 경우는 

exec gnome-session

KDE는

exec startkde

입니다.

.xinitrc파일에는 윈도우 매니저 말고도, X윈도우가 시작할때 실행할 프로그램들을 
지정할 수 있습니다. 예를 들어 screensaver를 사용하고자 한다면,
.xinitrc 파일의 내용은 다음과 같게 됩니다.

---------------------------------------

xscreensaver -timeout 1 -cycle 2 &

exec wmaker

----------------------------------------

* 참고:

지역적으로 만들어진 패키지 중 ko-usersetup을 사용하시면 .xinitrc, .xsession을
포함한 FreeBSD용의 여러가지 기본 설정 파일을 얻을 수 있습니다. 3.4의 경우

  ftp://ftp.kr.freebsd.org/pub/FreeBSD-kr/ports/i386/packages-3.4-RELEASE/ko-usersetup-1.3.tgz

입니다. 다른 버전의 경우도 마찬가지로

  ftp://ftp.kr.freebsd.org/pub/FreeBSD-kr/ports/i386

에서 해당 버전으로 들어가시면 ko-usersetup 패키지가 있습니다.
이 패키지는 공식 포트가 아님을 주의하세요.